Caractérisation et identification de l’espèce asine dans l’ouest et l’extrême sud algérien
Des informations générales:
Le niveau |
Doctorat |
Titre |
Caractérisation et identification de l’espèce asine dans l’ouest et l’extrême sud algérien |
SPECIALITE |
Génétique Appliquée |
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Sommaire:
I. Généralités.
1.1. Taxonomie.
1.2. Origine de l’âne
1.3. La domestication de l’âne.
1.4. Evolution des effectifs.
1.4.1. Dans le monde
1.4.2. En Algérie.
II. Présentation de l’espèce asine.
II.1. Description générale de l’âne
II.2. Activité sexuelle de l’âne.
II.2.1. Comportement sexuel des ânesses
II.2.2 Comportement sexuel des baudets
II.2.3 Cycle œstral
II.2.4 Gestation et mise-bas
II.2.5. Physiologie de lactation:
II.3. Lait d’ânesse
2.3.1. Histoire et utilisation du lait d’ânesse
2.3.1.1. Lait d’ânesse comme alicament
2.3.1.2 Nutrition infantile
2.3.2 Propriétés du lait d’ânesse.
2.3.2.1. Propriétés peu allergisantes
2.3.2.2 Activité anti-tumorale
2.3.2.3 Breuvage fermenté
2.3.2.4. Lait d’ânesse en cosmétique.
II.4. Races asines
III. Biodiversité et ressources zoogénétique.
III.1. Importance de la biodiversité des animaux d’élevage.
III.2. Origine de la diversité génétique
•
III.2.1. Processus évolutifs affectant la variabilité génétique des populations
III.2.2. Forces évolutives
III.2.2.1. Dérive génétique
III.2.2.2. Migration et mutation.
III2.2.3. Migration.
III.2.2.4. Sélection naturelle
III.3. Méthodes de caractérisation des animaux d’élevage :
III.3.1. Méthode morphométrique.
III.3.2. Méthodes biochimiques et moléculaires.
III.3.2.1. Marqueurs biochimiques.
III.3.2.2 Marqueurs moléculaires
III.4. Programmes de conservation des ressources génétiques animales
III.5. Objectif:.
POPULATION D’ETUDE ET METHODES.
I. Zones d’étude
II. Choix des animaux.
III. Caractérisation phénotypique
III.1. Variables étudiées
III.1.1. Variables quantitatives
III.1.2. Variables qualitatives
III.2. Analyses statistiques des caractères morphométriques
IV. Caractérisation génétique.
IV.1. Populations d’étude.
IV.1.1. Choix des animaux
IV.1.2. Echantillonnage des populations d’études.
IV.2. Méthodes d’analyses génétiques
IV.2.1. Extraction d’ADN et dosage
IV.2.2. Contrôle de la qualité d’ADN et dilution.
IV.2.3. Génotypage des marqueurs microsatellites par séquenceur automatique.
IV.3. Principes des techniques
IV.2.1. Amplification des marqueurs microsatellites.
IV.2.1.1. Principe de la PCR classique
IV.2.1.2. Électrophorèse capillaire.
IV.3. Protocole expérimental
IV.3.1. Choix des marqueurs et préparation des amorces.
IV.3.2. Amplification in vitro de l’ADN par PCR
IV.3.3. Dépôt sur le séquenceur.
IV.3.4 Génotypage des microsatellites
IV.4. Méthodes d’analyses statistiques.
IV.4.1. Logiciels utilisés.
IV.4.2. Principes des analyses faites en génétique des populations.
IV.4.2.1 Équilibre de Hardy Weinberg
IV.4.2.2 Test de conformité à l’équilibre de Hardy-Weinberg
IV.4.2.3 Fiabilité des loci microsatellites
IV.4.2.4 Analyse de la diversité intra-population
IV.4.2.5. Analyse de la diversité inter-populations
IV.4.2.6 Analyse factorielle des correspondances (AFC)
IV.4.2.7 Méthodes de clustering
IV.4.2.8 Méthodes d’affectation des individus à une population.
CARACTERISATION MORPHOMETRIQUE.
I. Résultats et Interprétation.
1.1. Caractères morphométriques
1.1.1. Mensurations corporelles.
I.1.1.1. Analyse descriptive.
I.1.1.2. Variation des variables selon le sexe.
I.1.1.3. Variation des variables selon les régions
I.1.1.4 Corrélations des mensurations corporelles
I.1.1.5 Variation des individus
1.1.2. Les indices corporels
I.1.2.1. Indice de Shannon pour les caractères quantitatifs
I.1.2.2. Indice de de Shannon par population
I.1.3. Caractères qualitatifs
I.1.3.1. Analyse descriptive.
I.1.3.2. Variation des individus
II. Discussion
II.1. Caractères morphométriques.
II.2. Caractérisation qualitative
CARACTERISATION GENETIQUE.
I. Qualité des ADN extraits
II. Résultats du génotypage par séquenceur automatique.
III. Analyse de la diversité génétique.
III.1. Équilibre de Hardy Weinberg.
III.1.1. Test d’excès d’hétérozygoties
III.1.2. Test de déficit en hétérozygoties
IV. Fiabilité des loci microsatellites
IV.1. Détection des allèles nuls
IV.2 Déséquilibre de liaison
IV.3. Polymorphisme des marqueurs microsatellites
V. Diversité intra populationnelle.
V.1. Diversité allélique
V.2. Nombre allélique.
V.3. Richesse allélique (Ra).
V.4. Nombre efficace d’allèles (Ae).
V.5. Allèles privés.
V.6. L’hétérozygotie observée et attendue
VI. Diversité inter populationnelle
VI.1. Paramètres de différenciation des populations
VI.1.1. Indice de fixation FIS.
VI.1.2. Indice de différenciation FST.
VI.1.3. Flux des gènes
VI.2. Distances génétiques et établissement des relations phylogéniques.
VI.2.1. Distances génétiques et corrélation
VI.2.2. Arbres phylogénétiques (dendrogramme)
VI.3. Résultat d’analyse factorielle des correspondances (AFC)
VI.4. Assignation des individus à des populations génétiques et clustering
VI.4.1. Assignation des individus par le logiciel Structure.
VI.4.2. Méthodes d’affectation des individus à une population.
CONCLUSION ET PERSPECTIVES.
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES.
1.1. Taxonomie.
1.2. Origine de l’âne
1.3. La domestication de l’âne.
1.4. Evolution des effectifs.
1.4.1. Dans le monde
1.4.2. En Algérie.
II. Présentation de l’espèce asine.
II.1. Description générale de l’âne
II.2. Activité sexuelle de l’âne.
II.2.1. Comportement sexuel des ânesses
II.2.2 Comportement sexuel des baudets
II.2.3 Cycle œstral
II.2.4 Gestation et mise-bas
II.2.5. Physiologie de lactation:
II.3. Lait d’ânesse
2.3.1. Histoire et utilisation du lait d’ânesse
2.3.1.1. Lait d’ânesse comme alicament
2.3.1.2 Nutrition infantile
2.3.2 Propriétés du lait d’ânesse.
2.3.2.1. Propriétés peu allergisantes
2.3.2.2 Activité anti-tumorale
2.3.2.3 Breuvage fermenté
2.3.2.4. Lait d’ânesse en cosmétique.
II.4. Races asines
III. Biodiversité et ressources zoogénétique.
III.1. Importance de la biodiversité des animaux d’élevage.
III.2. Origine de la diversité génétique
•
III.2.1. Processus évolutifs affectant la variabilité génétique des populations
III.2.2. Forces évolutives
III.2.2.1. Dérive génétique
III.2.2.2. Migration et mutation.
III2.2.3. Migration.
III.2.2.4. Sélection naturelle
III.3. Méthodes de caractérisation des animaux d’élevage :
III.3.1. Méthode morphométrique.
III.3.2. Méthodes biochimiques et moléculaires.
III.3.2.1. Marqueurs biochimiques.
III.3.2.2 Marqueurs moléculaires
III.4. Programmes de conservation des ressources génétiques animales
III.5. Objectif:.
POPULATION D’ETUDE ET METHODES.
I. Zones d’étude
II. Choix des animaux.
III. Caractérisation phénotypique
III.1. Variables étudiées
III.1.1. Variables quantitatives
III.1.2. Variables qualitatives
III.2. Analyses statistiques des caractères morphométriques
IV. Caractérisation génétique.
IV.1. Populations d’étude.
IV.1.1. Choix des animaux
IV.1.2. Echantillonnage des populations d’études.
IV.2. Méthodes d’analyses génétiques
IV.2.1. Extraction d’ADN et dosage
IV.2.2. Contrôle de la qualité d’ADN et dilution.
IV.2.3. Génotypage des marqueurs microsatellites par séquenceur automatique.
IV.3. Principes des techniques
IV.2.1. Amplification des marqueurs microsatellites.
IV.2.1.1. Principe de la PCR classique
IV.2.1.2. Électrophorèse capillaire.
IV.3. Protocole expérimental
IV.3.1. Choix des marqueurs et préparation des amorces.
IV.3.2. Amplification in vitro de l’ADN par PCR
IV.3.3. Dépôt sur le séquenceur.
IV.3.4 Génotypage des microsatellites
IV.4. Méthodes d’analyses statistiques.
IV.4.1. Logiciels utilisés.
IV.4.2. Principes des analyses faites en génétique des populations.
IV.4.2.1 Équilibre de Hardy Weinberg
IV.4.2.2 Test de conformité à l’équilibre de Hardy-Weinberg
IV.4.2.3 Fiabilité des loci microsatellites
IV.4.2.4 Analyse de la diversité intra-population
IV.4.2.5. Analyse de la diversité inter-populations
IV.4.2.6 Analyse factorielle des correspondances (AFC)
IV.4.2.7 Méthodes de clustering
IV.4.2.8 Méthodes d’affectation des individus à une population.
CARACTERISATION MORPHOMETRIQUE.
I. Résultats et Interprétation.
1.1. Caractères morphométriques
1.1.1. Mensurations corporelles.
I.1.1.1. Analyse descriptive.
I.1.1.2. Variation des variables selon le sexe.
I.1.1.3. Variation des variables selon les régions
I.1.1.4 Corrélations des mensurations corporelles
I.1.1.5 Variation des individus
1.1.2. Les indices corporels
I.1.2.1. Indice de Shannon pour les caractères quantitatifs
I.1.2.2. Indice de de Shannon par population
I.1.3. Caractères qualitatifs
I.1.3.1. Analyse descriptive.
I.1.3.2. Variation des individus
II. Discussion
II.1. Caractères morphométriques.
II.2. Caractérisation qualitative
CARACTERISATION GENETIQUE.
I. Qualité des ADN extraits
II. Résultats du génotypage par séquenceur automatique.
III. Analyse de la diversité génétique.
III.1. Équilibre de Hardy Weinberg.
III.1.1. Test d’excès d’hétérozygoties
III.1.2. Test de déficit en hétérozygoties
IV. Fiabilité des loci microsatellites
IV.1. Détection des allèles nuls
IV.2 Déséquilibre de liaison
IV.3. Polymorphisme des marqueurs microsatellites
V. Diversité intra populationnelle.
V.1. Diversité allélique
V.2. Nombre allélique.
V.3. Richesse allélique (Ra).
V.4. Nombre efficace d’allèles (Ae).
V.5. Allèles privés.
V.6. L’hétérozygotie observée et attendue
VI. Diversité inter populationnelle
VI.1. Paramètres de différenciation des populations
VI.1.1. Indice de fixation FIS.
VI.1.2. Indice de différenciation FST.
VI.1.3. Flux des gènes
VI.2. Distances génétiques et établissement des relations phylogéniques.
VI.2.1. Distances génétiques et corrélation
VI.2.2. Arbres phylogénétiques (dendrogramme)
VI.3. Résultat d’analyse factorielle des correspondances (AFC)
VI.4. Assignation des individus à des populations génétiques et clustering
VI.4.1. Assignation des individus par le logiciel Structure.
VI.4.2. Méthodes d’affectation des individus à une population.
CONCLUSION ET PERSPECTIVES.
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES.
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