Analyse in silico des SNPs à conséquences fonctionnelles sur le CTLA-4 dans le cancer colorectal
Des informations générales:
Le niveau |
MASTER |
Titre |
Analyse in silico des SNPs à conséquences fonctionnelles sur le CTLA-4 dans le cancer colorectal |
SPECIALITE |
Immunologie |
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Sommaire:
TABLE DE MATIERE
Introduction
I. Chapitre I: Revue de la littérature
1.1Cancer colorectal
1.1.1. Généralité.
1.1.2. Epidémiologie.
1.1.3. Facteur de risque
1.1.3.1 L’âge
1.1.3.2 Habitudes de vie
1.1.3.3 L’exposition à des polluants et à des substances chimiques.
1.1.3.4 Facteurs individuels
1.1.3.5 Facteurs familiaux et génétiques
1.1.4 Evolution du cancer colorectal.
1.1.4.1 Carcinogénèse Colorectale.
1.1.4.2 Stades du cancer colorectal
1.1.5 Symptômes du cancer colorectal
1.1.6 Diagnostic du cancer colorectal
1.1.7 Traitements
1.1.7.1 Chirurgie
1.1.7.2 Radiothérapie
1.1.7.3 Chimiothérapie
1.1.7.4 Thérapies ciblées.
1.1.7.5 Immunothérapie
1.2. Immunosurveillance
1.2.1 Concept d’immuno-editing
1.2.2 Réponse immunitaire dans les cancers colorectaux
1.2.3 Immunosuppression dans lescancers colorectaux
1.3. CTLA-4
1.3.1. Gène CTLA-4
1.3.2. Structure de CTLA-4
1.3.3. Expression de CTLA-4
1.3.4. Rôle de CTLA-4
1.3.5. Signalisation CTLA-4 dans le cancer colorectal
1.3.6. Polymorphisme de gène CTLA-4 et cancer colorectal
1.3.7. Ciblage de CTLA-4 dans l’immunothérapie du cancer.
1.4Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
1.4.1 Implication du gène SRC dans le cancer colorectal.
1.4.2 Structure de SRC
1.4.3 Relation entre CTLA-4 et SRC.
1.4.4 Mutation responsable du cancer colorectal.
1.5. Polymorphisme nucléotidique
1.5.1 Origine des polymorphismes nucléotidique
1.5.2Classification des polymorphismes nucléotidiques.
1.5.3 Avantages et inconvénients des polymorphismes nucléotidiques
1.5.4 Application des polymorphismes nucléotidiques
1.5.5 Rôle des polymorphismes nucléotidiques dans le colorectal
1.6. Analyse in silico des polymorphismes nucléotidiques
1.6.1 Définition d’analyse in silico
1.6.2 Intérêt de l’analyse in silico des polymorphismes nucléotidiques.
1.7.1. Problématique
1.7.2 Objectif
1.7.3 But
II. Chapitre II: Matériel et méthodes
2.1 Exploration de données
2.2 Prédiction des nsSNP délétères par différents outils de bioinformatique.
2.3 Identification de divers domaines dans CTLA-4 ET Src et le triage des effets des SNP sur ces domaines
2.4 Validation des nsSNP à haut risque
2.5 Analyse de l’effet des nsSNPs sur la stabilité des protéines
2.6 Prédiction de la conservation évolutive
III. Chapitre III : Résultats et interprétation 36
3.1 Récupération des nsSNP dans les gènes CTLA-4 et SRC.
3.2 Prédiction des nsSNP délétères
3.3 Identification des domaines des protéines CTLA-4 et Src et catégorisation des nsSNPs dans ces domaines
3.4 Vérification des nsSNP à haut risque par PMut.
3.5 Détermination de la stabilité des protéines.
3.4 Analyse de la conservation évolutive des protéines.
IV. Chapitre IV :Discussion
V. Chapitre V: Conclusion et perspectives
VI. Chapitre VI : bibliographie
Introduction
I. Chapitre I: Revue de la littérature
1.1Cancer colorectal
1.1.1. Généralité.
1.1.2. Epidémiologie.
1.1.3. Facteur de risque
1.1.3.1 L’âge
1.1.3.2 Habitudes de vie
1.1.3.3 L’exposition à des polluants et à des substances chimiques.
1.1.3.4 Facteurs individuels
1.1.3.5 Facteurs familiaux et génétiques
1.1.4 Evolution du cancer colorectal.
1.1.4.1 Carcinogénèse Colorectale.
1.1.4.2 Stades du cancer colorectal
1.1.5 Symptômes du cancer colorectal
1.1.6 Diagnostic du cancer colorectal
1.1.7 Traitements
1.1.7.1 Chirurgie
1.1.7.2 Radiothérapie
1.1.7.3 Chimiothérapie
1.1.7.4 Thérapies ciblées.
1.1.7.5 Immunothérapie
1.2. Immunosurveillance
1.2.1 Concept d’immuno-editing
1.2.2 Réponse immunitaire dans les cancers colorectaux
1.2.3 Immunosuppression dans lescancers colorectaux
1.3. CTLA-4
1.3.1. Gène CTLA-4
1.3.2. Structure de CTLA-4
1.3.3. Expression de CTLA-4
1.3.4. Rôle de CTLA-4
1.3.5. Signalisation CTLA-4 dans le cancer colorectal
1.3.6. Polymorphisme de gène CTLA-4 et cancer colorectal
1.3.7. Ciblage de CTLA-4 dans l’immunothérapie du cancer.
1.4Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
1.4.1 Implication du gène SRC dans le cancer colorectal.
1.4.2 Structure de SRC
1.4.3 Relation entre CTLA-4 et SRC.
1.4.4 Mutation responsable du cancer colorectal.
1.5. Polymorphisme nucléotidique
1.5.1 Origine des polymorphismes nucléotidique
1.5.2Classification des polymorphismes nucléotidiques.
1.5.3 Avantages et inconvénients des polymorphismes nucléotidiques
1.5.4 Application des polymorphismes nucléotidiques
1.5.5 Rôle des polymorphismes nucléotidiques dans le colorectal
1.6. Analyse in silico des polymorphismes nucléotidiques
1.6.1 Définition d’analyse in silico
1.6.2 Intérêt de l’analyse in silico des polymorphismes nucléotidiques.
1.7.1. Problématique
1.7.2 Objectif
1.7.3 But
II. Chapitre II: Matériel et méthodes
2.1 Exploration de données
2.2 Prédiction des nsSNP délétères par différents outils de bioinformatique.
2.3 Identification de divers domaines dans CTLA-4 ET Src et le triage des effets des SNP sur ces domaines
2.4 Validation des nsSNP à haut risque
2.5 Analyse de l’effet des nsSNPs sur la stabilité des protéines
2.6 Prédiction de la conservation évolutive
III. Chapitre III : Résultats et interprétation 36
3.1 Récupération des nsSNP dans les gènes CTLA-4 et SRC.
3.2 Prédiction des nsSNP délétères
3.3 Identification des domaines des protéines CTLA-4 et Src et catégorisation des nsSNPs dans ces domaines
3.4 Vérification des nsSNP à haut risque par PMut.
3.5 Détermination de la stabilité des protéines.
3.4 Analyse de la conservation évolutive des protéines.
IV. Chapitre IV :Discussion
V. Chapitre V: Conclusion et perspectives
VI. Chapitre VI : bibliographie
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