Évolution de la résistance bactérienne aux antibiotiques au niveau de CHU Tlemcen et l’L’EHS mère-enfant entre 2016 et 2018.
Des informations générales:
Le niveau |
Doctorat |
Titre |
Évolution de la résistance bactérienne aux antibiotiques au niveau de CHU Tlemcen et l’L’EHS mère-enfant entre 2016 et 2018. |
SPECIALITE |
Pharmacie |
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Sommaire:
Introduction
Problématique
Revue de la littérature
I. – L’hygiène hospitalière et prévention de la résistance bactérienne aux antibiotiques .4
I.1 – Les facteurs favorisants la résistance bactérienne aux antibiotiques
1.2 – L’hygiène et prévention
II.- Classification des antibiotiques
II.1 – Définition
II.2 – Critères de classification
1-2-1-l’origine.
I-2-2- Le mode d’action
I-2-3- Le spectre d’activité
I-2-4- La nature chimique
II.3 – Les antibiotiques
I-3-1- Inhibiteurs de la synthèse de peptidoglycane (paroi)
II.3.1.1 Les bêtalactamines
II.3.1.1.1 – Pénames
II.3.1.1.2 – Les céphémes
II.3.1.1.3 – Carbapénémes, oxapénames et monobactames
II.3.2 Les inhibiteurs de la synthèse des protéines
II.3.2.1 Les aminosides
II.3.2.2 – Les macrolides-lincosamides-streptogramines
II.3.2.3 – Les tétracyclines
II.3.2.4 – Les phénicolés
II.3.2.5 – Antibiotique non classé
II.3.3 – Les antibiotiques actifs sur les enveloppes membranaires
II.3.3.1 – Les polymixines
II.3.4 -Les inhibiteurs des acides nucléiques
II.3.4.1 – Les quinolones
II.3.4.2 – Les fluoroquinolones
II.3.4.3 – Les rifamycines
II.3.4.4 Nitrofuranes
II.3.4.5 – Les antibiotiques non classés
II.3.4.6 Nitro-imidazolés
II.3.5 – Les inhibiteurs de la synthèse des folates (inhibition compétitive) : les sulfamides, triméthoprime et association
II.3.5.1 Les sulfamides
II.3.5.2 – Diaminoptéridine (le trimethoprime)
II.3.5.3 – Les sulfamides + triméthoprime : sulfamethoxazole+triméthoprime (Cotrimoxazole) :
II.3.6 – Les nouveaux antibiotiques
II.3.6.1 – Oxazolidinone
II.3.6.2 – Diapyrimidine
II.3.6.3 – Glycyclines
III. La résistance bactérienne aux antibiotiques
III.1 – Définition de la résistance bactérienne aux antibiotiques
III.2 – La nature de la résistance bactérienne aux antibiotiques
III.2.1 – La résistance naturelle
III.2.2 – La résistance acquise
III.2.3 – La résistance croisée
III.2.4 La co-résistance
III.3 – Les mécanismes biochimiques de la résistance bactérienne aux antibiotiques :
III.3.1 – Inactivation enzymatique de l’antibiotique
III.3.2 – Défaut d’activation de l’antibiotique
III.3.3 Modification de la cible
III.3.3.1 – Enzymatique
III.3.3.2 – Par mutation
III.3.4 – Séquestration de l’antibiotique, protection de la cible
III.3.5 – Baisse de la perméabilité membranaire et efflux actif.
III.4 – Les mécanismes génétiques de la résistance bactérienne aux antibiotiques
III.4.1 – Les mécanismes de transfert de gènes de résistance
III.4.1.1 La transformation
III.4.1.2 – La conjugaison
III.4.1.3 – La transduction
III.4.2 – Les supports génétiques et mécanismes d’acquisition de la résistance aux antibiotiques
III.4.2.1 – Les mutations
III.4.2.2 – Acquisition de gènes de résistance
III.5-Les mécanismes de résistance aux antibiotiques
III.5.1 Les bétalactamines
III.5.2 Les aminosides
III.5.3 – Les quinolones
III.5.4 Les glycopeptides
III.5.5 Macrolides-Lincosamides-Streptogramines (MLS)
III.5.6 Les tétracyclines
III.5.7 – Sulfamides et Triméthoprime
III.5.7.1 Sulfamides
III.5.7.2 -Trimethoprime
III.5.8 – Chloramphenicol :
III.5.9 – Fosfomycine
III.5.10 – Acide fusidique
III.5.11 – Polymyxines
III.5.12 – Oxazolidinones
III.5.13 – La rifampicine
III.5.14 – Isoniazide, éthionamide
III.5.15 – Pyrazinamide
III.5.16 Métronidazole
III.6 – Les bactéries multirésistantes BMR
III.6.1 – Définition
III.6.2 – Les principales BMR
III.6.2.1 – Les SARM
III.6.2.2 Les entérobactéries multirésistantes
III.6.2.2.1 – Les phénotypes de résistance
III.6.2.2.1.1 – Vis-à-vis des bêtalactamines
III.6.2.2.1.2 – La résistance naturelle ou phénotypes sauvages
III.6.2.2.1.3 – la résistance acquise ou phénotypes résistants
III.6.2.2.1.4 – La résistance aux Carbapénémes
III.6.2.2.1.5 – Vis-à-vis des aminosides
III.7 – Les bactéries hautement résistantes aux antibiotiques émergentes (BHRe)
III.7.1 – Définition
III.7.2 Les différentes BHRe
IV. – Les principales bactéries isolées en milieu hospitalier
IV.1 – Les entérobactéries
IV.2 – Acinetobacter spp
IV.3-Pseudomonas aeruginosa
IV.4 – Staphylococcus spp
IV.5-Entérococcus spp
V.-L’épidémiologie de la résistance bactérienne aux antibiotiques
V.1 – Les Enterobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre élargie (EBLSE) .39
V.1.1 – Les données épidémiologiques dans le monde
V.1.2 – Les données épidémiologiques en Algérie
V.2-Pseudomonas aeruginosa
V.2.1 – Les données épidémiologiques dans le monde
V.2.2 – Les données épidémiologiques en Algérie
V.3 – Acinetobacter baumani
V.3.1 – Les données épidémiologiques dans le monde
V.3.2 – Les données épidémiologiques en Algérie
V.4 Les SARM
V.4.1 – Les données épidémiologiques dans le monde
V.4.2 – Les données épidémiologiques en Algérie
V.5-Les entérocoques
V.5.1 – Les données épidémiologiques dans le monde
V.5.2 – Les données épidémiologiques en Algérie
Objectifs.
I.1 – Objectif principal
1.2 – Objectifs secondaires
Matériel et méthodes
II.1 – Type, lieu et durée de l’étude
II.2 – Critères d’inclusion
II.3 -Critères d’exclusion
II.4 -Critères de non inclusion
II.5 -Déroulement de l’étude
III. – Résultats
III.1 – Les principales espèces bactériennes isolées au niveau du CHU Tlemcen et l’EHS mère-enfant (2016-2018)
III.2 – L’évolution de la résistance bactérienne aux antibiotiques au niveau CHU Tlemcen et L’EHS mère-enfant 2016-2018
III.2.1- Entérobactéries
III.2.2 E. coli
III.2.3 – Klebsiella pneumoniae
III.2.4 Pseudomonas aeruginosa
III.2.5 Acinetobacter baumanii
III.2.6- Staphylococcus aureus
III.2.7 – Enterococcus spp
III.3 – Etude de l’évolution de la résistance aux antibiotiques par groupe de services 62
III.3.1 – Service de réanimation
III.3.1.1 – La répartition des espèces isolées en 2018
III.3.1.2 Etude de l’évolution des taux de la résistance aux antibiotiques
III.3.1.2.1 – Les entérobactéries
III.3.1.2.2 – E. coli
III.3.1.2.3 – Klebsiella pneumoniae
III.3.1.2.4 – Peudomonas aeruginosa
III.3.1.2.5 – Acinetobacter baumanii
III.3.1.2.6 – Staphylococcus aureus
III.3.1.2.7 – Evolution de la résistance aux antibiotiques Enterococcus spp
III.3.2 Service de chirurgie
III.3.2.1 – La répartition des espèces isolées en 2018
III.3.2.2 Etude de l’évolution des taux de la résistance aux antibiotiques
III.3.2.2.1 – Entérobactéries
III.3.2.2.2 – E coli
III.3.2.2.3 – Klebsiella pneumoniae
III.3.2.2.4 – Pseudomonas aeruginosa
III.3.2.2.5 – Acinetobacter baumanii
III.3.2.2.6 – Staphylococcus aureus
III.3.2.2.7 – Enterococcus sp.
III.3.3 – Service de pédiatrie et néonatologie
III.3.3.1- La répartition des espèces isolées en 2018
III.3.3.2 – Etude de l’évolution des taux de la résistance aux antibiotiques.
III.3.3.21-Entérobactéries
III.3.3.2.2 E. coli
III.3.3.2.3 – Klebsiella pneumoniae
III.3.4 – Service des urgences
III.3.4.1 – La répartition des espèces isolées en 2018
III.3.4.2 – Etude de l’évolution des taux de la résistance aux antibiotiques
III.3.4.2.1 – Entérobactéries
III.3.4.2.2 E coli
III.3.4.2.3 – Klebsiella pneumoniae
III.3.5 – Services cliniques
III.3.5.1 – La répartition des espèces isolées en 2018
III.3.5.2 Etude de l’évolution des taux de la résistance aux antibiotiques
III.3.5.2.1 Entérobactéries
III.3.5.2.2 E. coli
III.3.5.2.3 – Klebsiella pneumoniae
III.3.5.2.4 – Pseudomonas aeruginosa
III.3.5.2.5 – Acinetobacter baumanii
III.3.5.2.6 Staphylococcus aureus
III.3.5.2.7 – Enterococcus sp
III.4 – Evolution des taux de BMR au niveau de CHU Tlemcen et L’EHS mère-enfant 2016-2018
III.4.1 La prévalence des BMR au niveau de CHU Tlemcen et l’EHS mère-enfant 2016- 2018
III.4.2 – Etude des pourcentages des différents types de BMR
III.4.2.1 En 2016
III.4.2.2 – En 2017
III.4.2.3 En 2018
III.4.3 – Nombre et pourcentage de BMR par espèce bactérienne
III.4.3.1 – En 2016
III.4.3.2 En 2017
III.4.3.3 En 2018
III.4.4 – Etude de l’évolution de taux des BMR dans différents groupes de services de CHU Tlemcen et L’EHS mère-enfant 2016-2018
III.4.4.1 – Les BMR au niveau du service de réanimation
III.4.4.2 – Les BMR au niveau des services de chirurgie.
III.4.4.3 Les BMR au niveau du service des urgences
III.4.4.4 Les BMR au niveau du service de pédiatries et néonatologie
III.4.4.5 – Les BMR Au niveau des services cliniques
IV – Discussion
V – Les limites de l’étude
VI- Conclusion
VII – Références bibliographiques
VIII – Annexes
Problématique
Revue de la littérature
I. – L’hygiène hospitalière et prévention de la résistance bactérienne aux antibiotiques .4
I.1 – Les facteurs favorisants la résistance bactérienne aux antibiotiques
1.2 – L’hygiène et prévention
II.- Classification des antibiotiques
II.1 – Définition
II.2 – Critères de classification
1-2-1-l’origine.
I-2-2- Le mode d’action
I-2-3- Le spectre d’activité
I-2-4- La nature chimique
II.3 – Les antibiotiques
I-3-1- Inhibiteurs de la synthèse de peptidoglycane (paroi)
II.3.1.1 Les bêtalactamines
II.3.1.1.1 – Pénames
II.3.1.1.2 – Les céphémes
II.3.1.1.3 – Carbapénémes, oxapénames et monobactames
II.3.2 Les inhibiteurs de la synthèse des protéines
II.3.2.1 Les aminosides
II.3.2.2 – Les macrolides-lincosamides-streptogramines
II.3.2.3 – Les tétracyclines
II.3.2.4 – Les phénicolés
II.3.2.5 – Antibiotique non classé
II.3.3 – Les antibiotiques actifs sur les enveloppes membranaires
II.3.3.1 – Les polymixines
II.3.4 -Les inhibiteurs des acides nucléiques
II.3.4.1 – Les quinolones
II.3.4.2 – Les fluoroquinolones
II.3.4.3 – Les rifamycines
II.3.4.4 Nitrofuranes
II.3.4.5 – Les antibiotiques non classés
II.3.4.6 Nitro-imidazolés
II.3.5 – Les inhibiteurs de la synthèse des folates (inhibition compétitive) : les sulfamides, triméthoprime et association
II.3.5.1 Les sulfamides
II.3.5.2 – Diaminoptéridine (le trimethoprime)
II.3.5.3 – Les sulfamides + triméthoprime : sulfamethoxazole+triméthoprime (Cotrimoxazole) :
II.3.6 – Les nouveaux antibiotiques
II.3.6.1 – Oxazolidinone
II.3.6.2 – Diapyrimidine
II.3.6.3 – Glycyclines
III. La résistance bactérienne aux antibiotiques
III.1 – Définition de la résistance bactérienne aux antibiotiques
III.2 – La nature de la résistance bactérienne aux antibiotiques
III.2.1 – La résistance naturelle
III.2.2 – La résistance acquise
III.2.3 – La résistance croisée
III.2.4 La co-résistance
III.3 – Les mécanismes biochimiques de la résistance bactérienne aux antibiotiques :
III.3.1 – Inactivation enzymatique de l’antibiotique
III.3.2 – Défaut d’activation de l’antibiotique
III.3.3 Modification de la cible
III.3.3.1 – Enzymatique
III.3.3.2 – Par mutation
III.3.4 – Séquestration de l’antibiotique, protection de la cible
III.3.5 – Baisse de la perméabilité membranaire et efflux actif.
III.4 – Les mécanismes génétiques de la résistance bactérienne aux antibiotiques
III.4.1 – Les mécanismes de transfert de gènes de résistance
III.4.1.1 La transformation
III.4.1.2 – La conjugaison
III.4.1.3 – La transduction
III.4.2 – Les supports génétiques et mécanismes d’acquisition de la résistance aux antibiotiques
III.4.2.1 – Les mutations
III.4.2.2 – Acquisition de gènes de résistance
III.5-Les mécanismes de résistance aux antibiotiques
III.5.1 Les bétalactamines
III.5.2 Les aminosides
III.5.3 – Les quinolones
III.5.4 Les glycopeptides
III.5.5 Macrolides-Lincosamides-Streptogramines (MLS)
III.5.6 Les tétracyclines
III.5.7 – Sulfamides et Triméthoprime
III.5.7.1 Sulfamides
III.5.7.2 -Trimethoprime
III.5.8 – Chloramphenicol :
III.5.9 – Fosfomycine
III.5.10 – Acide fusidique
III.5.11 – Polymyxines
III.5.12 – Oxazolidinones
III.5.13 – La rifampicine
III.5.14 – Isoniazide, éthionamide
III.5.15 – Pyrazinamide
III.5.16 Métronidazole
III.6 – Les bactéries multirésistantes BMR
III.6.1 – Définition
III.6.2 – Les principales BMR
III.6.2.1 – Les SARM
III.6.2.2 Les entérobactéries multirésistantes
III.6.2.2.1 – Les phénotypes de résistance
III.6.2.2.1.1 – Vis-à-vis des bêtalactamines
III.6.2.2.1.2 – La résistance naturelle ou phénotypes sauvages
III.6.2.2.1.3 – la résistance acquise ou phénotypes résistants
III.6.2.2.1.4 – La résistance aux Carbapénémes
III.6.2.2.1.5 – Vis-à-vis des aminosides
III.7 – Les bactéries hautement résistantes aux antibiotiques émergentes (BHRe)
III.7.1 – Définition
III.7.2 Les différentes BHRe
IV. – Les principales bactéries isolées en milieu hospitalier
IV.1 – Les entérobactéries
IV.2 – Acinetobacter spp
IV.3-Pseudomonas aeruginosa
IV.4 – Staphylococcus spp
IV.5-Entérococcus spp
V.-L’épidémiologie de la résistance bactérienne aux antibiotiques
V.1 – Les Enterobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre élargie (EBLSE) .39
V.1.1 – Les données épidémiologiques dans le monde
V.1.2 – Les données épidémiologiques en Algérie
V.2-Pseudomonas aeruginosa
V.2.1 – Les données épidémiologiques dans le monde
V.2.2 – Les données épidémiologiques en Algérie
V.3 – Acinetobacter baumani
V.3.1 – Les données épidémiologiques dans le monde
V.3.2 – Les données épidémiologiques en Algérie
V.4 Les SARM
V.4.1 – Les données épidémiologiques dans le monde
V.4.2 – Les données épidémiologiques en Algérie
V.5-Les entérocoques
V.5.1 – Les données épidémiologiques dans le monde
V.5.2 – Les données épidémiologiques en Algérie
Objectifs.
I.1 – Objectif principal
1.2 – Objectifs secondaires
Matériel et méthodes
II.1 – Type, lieu et durée de l’étude
II.2 – Critères d’inclusion
II.3 -Critères d’exclusion
II.4 -Critères de non inclusion
II.5 -Déroulement de l’étude
III. – Résultats
III.1 – Les principales espèces bactériennes isolées au niveau du CHU Tlemcen et l’EHS mère-enfant (2016-2018)
III.2 – L’évolution de la résistance bactérienne aux antibiotiques au niveau CHU Tlemcen et L’EHS mère-enfant 2016-2018
III.2.1- Entérobactéries
III.2.2 E. coli
III.2.3 – Klebsiella pneumoniae
III.2.4 Pseudomonas aeruginosa
III.2.5 Acinetobacter baumanii
III.2.6- Staphylococcus aureus
III.2.7 – Enterococcus spp
III.3 – Etude de l’évolution de la résistance aux antibiotiques par groupe de services 62
III.3.1 – Service de réanimation
III.3.1.1 – La répartition des espèces isolées en 2018
III.3.1.2 Etude de l’évolution des taux de la résistance aux antibiotiques
III.3.1.2.1 – Les entérobactéries
III.3.1.2.2 – E. coli
III.3.1.2.3 – Klebsiella pneumoniae
III.3.1.2.4 – Peudomonas aeruginosa
III.3.1.2.5 – Acinetobacter baumanii
III.3.1.2.6 – Staphylococcus aureus
III.3.1.2.7 – Evolution de la résistance aux antibiotiques Enterococcus spp
III.3.2 Service de chirurgie
III.3.2.1 – La répartition des espèces isolées en 2018
III.3.2.2 Etude de l’évolution des taux de la résistance aux antibiotiques
III.3.2.2.1 – Entérobactéries
III.3.2.2.2 – E coli
III.3.2.2.3 – Klebsiella pneumoniae
III.3.2.2.4 – Pseudomonas aeruginosa
III.3.2.2.5 – Acinetobacter baumanii
III.3.2.2.6 – Staphylococcus aureus
III.3.2.2.7 – Enterococcus sp.
III.3.3 – Service de pédiatrie et néonatologie
III.3.3.1- La répartition des espèces isolées en 2018
III.3.3.2 – Etude de l’évolution des taux de la résistance aux antibiotiques.
III.3.3.21-Entérobactéries
III.3.3.2.2 E. coli
III.3.3.2.3 – Klebsiella pneumoniae
III.3.4 – Service des urgences
III.3.4.1 – La répartition des espèces isolées en 2018
III.3.4.2 – Etude de l’évolution des taux de la résistance aux antibiotiques
III.3.4.2.1 – Entérobactéries
III.3.4.2.2 E coli
III.3.4.2.3 – Klebsiella pneumoniae
III.3.5 – Services cliniques
III.3.5.1 – La répartition des espèces isolées en 2018
III.3.5.2 Etude de l’évolution des taux de la résistance aux antibiotiques
III.3.5.2.1 Entérobactéries
III.3.5.2.2 E. coli
III.3.5.2.3 – Klebsiella pneumoniae
III.3.5.2.4 – Pseudomonas aeruginosa
III.3.5.2.5 – Acinetobacter baumanii
III.3.5.2.6 Staphylococcus aureus
III.3.5.2.7 – Enterococcus sp
III.4 – Evolution des taux de BMR au niveau de CHU Tlemcen et L’EHS mère-enfant 2016-2018
III.4.1 La prévalence des BMR au niveau de CHU Tlemcen et l’EHS mère-enfant 2016- 2018
III.4.2 – Etude des pourcentages des différents types de BMR
III.4.2.1 En 2016
III.4.2.2 – En 2017
III.4.2.3 En 2018
III.4.3 – Nombre et pourcentage de BMR par espèce bactérienne
III.4.3.1 – En 2016
III.4.3.2 En 2017
III.4.3.3 En 2018
III.4.4 – Etude de l’évolution de taux des BMR dans différents groupes de services de CHU Tlemcen et L’EHS mère-enfant 2016-2018
III.4.4.1 – Les BMR au niveau du service de réanimation
III.4.4.2 – Les BMR au niveau des services de chirurgie.
III.4.4.3 Les BMR au niveau du service des urgences
III.4.4.4 Les BMR au niveau du service de pédiatries et néonatologie
III.4.4.5 – Les BMR Au niveau des services cliniques
IV – Discussion
V – Les limites de l’étude
VI- Conclusion
VII – Références bibliographiques
VIII – Annexes
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