Effet antimicrobien et antibiofilm de divers extraits végétaux sur des bactéries de l’environnement
Des informations générales:
Le niveau |
Master |
Titre |
Effet antimicrobien et antibiofilm de divers extraits végétaux sur des bactéries de l’environnement |
SPECIALITE |
Microbiologie et contrôle de qualité |
Page de garde:
Sommaire:
Table des matières
Introduction.1
1. Généralités sur le biofilm 3
1.1. Définition .3
1.2. Composition 3
1.3. Les étapes de formation du biofilm 4
1.3.1. La fixation initiale ou adhésion réversible 4
1.3.2. Fixation irréversible .5
1.3.3. Formation de microcolonies.6
1.3.4. Maturation 6
1.3.5. Dispersion et détachement 7
1.4. Le quorum sensing et sa relation aux biofilms .9
1.4.1. Définition .9
1.4.2. Le quorum sensing chez les bactéries à Gram négatif10
1.4.3. Le quorum sensing chez les bactéries à Gram positif11
1.5. Résistance des biofilms aux agents antimicrobiens11
1.6. Stratégies de lutte contre le biofilm 12
1.6.1. Traitement curatifs des biofilms 12
1.6.1.1. Nettoyage et désinfection13
1.6.1.2. Détergents enzymatiques 13
1.6.1.3. Approches physiques 14
1.6.2. Les approches préventives de la formation du biofilm14
1.6.2.1. Caractéristiques hygiénique des matériaux .14
1.6.2.3. Les biofilms positifs15
1.6.3. Autres approches 16
1.6.3.1. Bactériophage 16
1.6.3.2 Bactériocines 16
1.6.3.3. Inhibiteurs du Quorum Sensing16
2. Hygiène des surfaces.18
2.6. Nettoyage et désinfection des surfaces hospitalières19Table des matières
2.7. Nettoyage des équipements en industries agro-alimentaires20
2.8. La désinfection des surfaces en laboratoire de biologie 22
3. Agents antimicrobiens d’origine végétale22
3.6. Principaux groupes de composés antimicrobiens d’origine végétale22
3.6.3. Les composés phénoliques .23
3.6.4. Les terpènoides et les huiles essentielles .24
3.6.5. Les alcaloïdes 25
3.6.6. Autres antimicrobiens d’origine végétale .25
3.7. Mode d’action des agents antimicrobiens d’origine végétale .26
3.7.3. Activité antibactérienne 26
3.7.4. Activité antifongique 27
3.7.5. Activité antivirale 27
3.8. Effet antibiofilm des biocides naturels.28
Matériels et méthodes29
1. Isolement et dénombrement de la flore de contamination de l’environnement des
laboratoires29
1.1. Prélèvement de l’air ambiant.29
1.2. Prélèvement de la surface des paillasses30
1.2.1. Echantillonnage par écouvillonnage 30
1.2.2. Isolement sur milieu solide par ensemencement en surface .30
1.2.3. Isolement sur milieu solide par ensemencement en profondeur 31
1.3. Dénombrement des bactéries.32
1.4. Purification et conservation des souches32
2. Identification des souches purifiées32
2.1. Caractères culturaux33
2.2. Caractères morphologiques 33
2.2.1. Coloration de GRAM33
2.2.2. Observation de la spore34
2.3. Caractères biochimiques .34
2.3.1. Recherche de la catalase34
2.3.2. Recherche de l’oxydase34
2.3.3. Galeries d’identification (Système API) Galerie API 20E .35
2.3.4. Identification au genre Staphylococcus35
2.3.5. Identification au groupe Bacillus cereus.36Table des matières
2.3.5.1. Croissance sur milieu Mossel complet .36
2.3.5.2. Croissance sur gélose au sang 36
3. Evaluation de l’activité antimicrobienne des extraits végétaux .37
3.1. Préparation des solutions des extraits 37
3.2. Stérilisation et conservation des solutions 37
3.3. Préparation des suspensions bactériennes de l’inoculum .37
3.4. La méthode de diffusion des disques .37
3.5. Détermination des concentrations minimales inhibitrices CMI des extraits.38
3.6. Détermination de la concentration minimale inhibitrice du biofilm CMIB39
3.7. Détermination de la concentration minimale éradicatrice du biofilm (CMEB) 40
Résultats et discussion .41
1. Résultats de l’isolement et du dénombrement de la flore de contamination de
l’environnement des laboratoires 41
1.1. Evaluation de la contamination de l’air 41
1.2. Dénombrement des contaminants de la surface des paillasses42
2. Résultats de l’identification des isolats.44
2.1. Résultats de l’identification macroscopique 45
2.2. Résultats de l’identification microscopique 45
2.3. Résultats de l’identification biochimique.47
2.3.1. Résultats de l’identification des Staphylocoques .47
2.3.2. Résultats de l’identification du genre Bacillus.49
2.3.3. Résultats de l’identification des bactéries à Gram négatif 51
3. Résultats de l’activité antimicrobienne des extraits végétaux.52
3.1. L’activité antimicrobienne des extraits par la méthode de diffusion des disques 52
3.2. La concentration minimale inhibitrice (CMI) 52
3.3. La concentration minimale inhibitrice de la formation du biofilm (CMIB) .53
Conclusion57
Bhunia A.K. (2018). Staphylococcus aureus. in Foodborne Microbial Pathogens : Mechanisms
and Pathogenesis (New York, NY Springer). Pp.181-192 .59
Denis F., Bingen E. ,Martin C. Ploy M-C, et Quentin R.(2011).Bactériologie médicale :
Techniques usuelles. 2ème Edition. Elsevier Masson. Les Moulineaux Cedex. .64
Références bibliographiques
Annexe
Introduction.1
1. Généralités sur le biofilm 3
1.1. Définition .3
1.2. Composition 3
1.3. Les étapes de formation du biofilm 4
1.3.1. La fixation initiale ou adhésion réversible 4
1.3.2. Fixation irréversible .5
1.3.3. Formation de microcolonies.6
1.3.4. Maturation 6
1.3.5. Dispersion et détachement 7
1.4. Le quorum sensing et sa relation aux biofilms .9
1.4.1. Définition .9
1.4.2. Le quorum sensing chez les bactéries à Gram négatif10
1.4.3. Le quorum sensing chez les bactéries à Gram positif11
1.5. Résistance des biofilms aux agents antimicrobiens11
1.6. Stratégies de lutte contre le biofilm 12
1.6.1. Traitement curatifs des biofilms 12
1.6.1.1. Nettoyage et désinfection13
1.6.1.2. Détergents enzymatiques 13
1.6.1.3. Approches physiques 14
1.6.2. Les approches préventives de la formation du biofilm14
1.6.2.1. Caractéristiques hygiénique des matériaux .14
1.6.2.3. Les biofilms positifs15
1.6.3. Autres approches 16
1.6.3.1. Bactériophage 16
1.6.3.2 Bactériocines 16
1.6.3.3. Inhibiteurs du Quorum Sensing16
2. Hygiène des surfaces.18
2.6. Nettoyage et désinfection des surfaces hospitalières19Table des matières
2.7. Nettoyage des équipements en industries agro-alimentaires20
2.8. La désinfection des surfaces en laboratoire de biologie 22
3. Agents antimicrobiens d’origine végétale22
3.6. Principaux groupes de composés antimicrobiens d’origine végétale22
3.6.3. Les composés phénoliques .23
3.6.4. Les terpènoides et les huiles essentielles .24
3.6.5. Les alcaloïdes 25
3.6.6. Autres antimicrobiens d’origine végétale .25
3.7. Mode d’action des agents antimicrobiens d’origine végétale .26
3.7.3. Activité antibactérienne 26
3.7.4. Activité antifongique 27
3.7.5. Activité antivirale 27
3.8. Effet antibiofilm des biocides naturels.28
Matériels et méthodes29
1. Isolement et dénombrement de la flore de contamination de l’environnement des
laboratoires29
1.1. Prélèvement de l’air ambiant.29
1.2. Prélèvement de la surface des paillasses30
1.2.1. Echantillonnage par écouvillonnage 30
1.2.2. Isolement sur milieu solide par ensemencement en surface .30
1.2.3. Isolement sur milieu solide par ensemencement en profondeur 31
1.3. Dénombrement des bactéries.32
1.4. Purification et conservation des souches32
2. Identification des souches purifiées32
2.1. Caractères culturaux33
2.2. Caractères morphologiques 33
2.2.1. Coloration de GRAM33
2.2.2. Observation de la spore34
2.3. Caractères biochimiques .34
2.3.1. Recherche de la catalase34
2.3.2. Recherche de l’oxydase34
2.3.3. Galeries d’identification (Système API) Galerie API 20E .35
2.3.4. Identification au genre Staphylococcus35
2.3.5. Identification au groupe Bacillus cereus.36Table des matières
2.3.5.1. Croissance sur milieu Mossel complet .36
2.3.5.2. Croissance sur gélose au sang 36
3. Evaluation de l’activité antimicrobienne des extraits végétaux .37
3.1. Préparation des solutions des extraits 37
3.2. Stérilisation et conservation des solutions 37
3.3. Préparation des suspensions bactériennes de l’inoculum .37
3.4. La méthode de diffusion des disques .37
3.5. Détermination des concentrations minimales inhibitrices CMI des extraits.38
3.6. Détermination de la concentration minimale inhibitrice du biofilm CMIB39
3.7. Détermination de la concentration minimale éradicatrice du biofilm (CMEB) 40
Résultats et discussion .41
1. Résultats de l’isolement et du dénombrement de la flore de contamination de
l’environnement des laboratoires 41
1.1. Evaluation de la contamination de l’air 41
1.2. Dénombrement des contaminants de la surface des paillasses42
2. Résultats de l’identification des isolats.44
2.1. Résultats de l’identification macroscopique 45
2.2. Résultats de l’identification microscopique 45
2.3. Résultats de l’identification biochimique.47
2.3.1. Résultats de l’identification des Staphylocoques .47
2.3.2. Résultats de l’identification du genre Bacillus.49
2.3.3. Résultats de l’identification des bactéries à Gram négatif 51
3. Résultats de l’activité antimicrobienne des extraits végétaux.52
3.1. L’activité antimicrobienne des extraits par la méthode de diffusion des disques 52
3.2. La concentration minimale inhibitrice (CMI) 52
3.3. La concentration minimale inhibitrice de la formation du biofilm (CMIB) .53
Conclusion57
Bhunia A.K. (2018). Staphylococcus aureus. in Foodborne Microbial Pathogens : Mechanisms
and Pathogenesis (New York, NY Springer). Pp.181-192 .59
Denis F., Bingen E. ,Martin C. Ploy M-C, et Quentin R.(2011).Bactériologie médicale :
Techniques usuelles. 2ème Edition. Elsevier Masson. Les Moulineaux Cedex. .64
Références bibliographiques
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