Caractérisation des gènes de résistance des biocides par PCR chez les Entérocoques
Des informations générales:
Le niveau |
Master |
Titre |
Caractérisation des gènes de résistance des biocides par PCR chez les Entérocoques |
SPECIALITE |
Microbiologie Fondamentale |
Page de garde:
Sommaire:
Introduction
Synthèse bibliographique
Chapitre 1: Généralité sur les entérocoques.
1. Classification
2. Caractéristiques
3. Habitat.
4. Virulence et pathogenèse des entérocoques.
Chapitre 2: Polymérase Chain Réaction (PCR).
1. Historique
2. Définition de la PCR
3. Les constituants de la PCR
3.1. Le fragment à amplifier(ADN)
3.2. Les amorces (sens et anti sens)
3.3. L’ADN polymérase et ses inhibiteurs
3.4. Les nucléotides dNTPs
3.5. Le Magnésium (Mg ++)
4. Les étapes de la réaction
4.1. Extraction
4.2. Amplification
4.2.1. La dénaturation thermique
4.2.2. Hybridation des amorces.
4.2.3. Elongation
5. Les types de PCR.
5.1. La PCR en point final
5.2. La PCR en temps réel (real-time PCR) ou PCR quantitative (ou qPCR).
5.3. PCR nichée ou nested PCR
5.4. Le PCR multiplex
5.5. PCR compétitive
5.6. PCR asymétrique.
5.7. La RT-PCR
6. Avantages et inconvénients de la PCR
6.1. Les avantages.
6.2. Les inconvénients
Chapitre 3: Lutte antimicrobienne
1. Les méthodes
1.1. L’antisepsie
1.2. La désinfection
2. Les produits
2.1. Les biocides
2.2. Les antiseptiques
2.3. Les désinfectants
2.4. Classification des biocides
2.5. Mode d’action des biocides
Chapitre 4: La résistance aux biocides
1. Mécanismes de la résistance bactérienne aux biocides
1.1. Résistance intrinsèque
1.2. La résistance acquise
1.2.1. Les mécanismes d’acquisition de la résistance
1.2.1.1. La résistance acquise chromosomique
1.2.1.2. La résistance acquise Plasmidique (ou extra chromosomique)
1.2.1.2.1. Les plasmides
1.2.1.2.2. Les intégrons de résistance
1.2.1.2.3. Les éléments transposables bactériens
2. Les gènes codant la résistance aux biocides
3. La résistance chez les entérocoques
3.1. Resistance aux ammoniums quaternaires
3.1.1. Objectif
3.1.1.1. Matériels et méthodes
3.1.1.2.1. Détermination du CMI
3.1.1.2.2. Construction de la souche EF-SAVE1
3.1.1.2.3. RT-PCR
3.1.1.3. Résultats et discussion
3.1.1.4. Conclusions
3.1.2. Resistance au chlorure de didécyldiméthylammonium
3.1.2.1. Objectif
3.1.2.2. Matériels et méthodes
3.1.2.2.1. Isolement et identification d’E. faecalis
3.1.2.2.2. Sensibilité au (DDAC)
3.1.2.2.3. Détection des gènes qac
3.1.2.3. Résultats et discussion.
3.2. Resistance aux alcools.
3.2.1. Objectifs
3.2.2. Résultats et discussion
3.2.2.1. Pertinence clinique d’E. faecium tolérance à l’alcool
3.2.2.2. Identification des facteurs génétiques bactériens liés à la tolérance à l’alcool
3.2.2.3. Validation des facteurs génétiques bactériens liés à la tolérance à l’alcool
Conclusion et perspectives.
Références bibliographiques
Synthèse bibliographique
Chapitre 1: Généralité sur les entérocoques.
1. Classification
2. Caractéristiques
3. Habitat.
4. Virulence et pathogenèse des entérocoques.
Chapitre 2: Polymérase Chain Réaction (PCR).
1. Historique
2. Définition de la PCR
3. Les constituants de la PCR
3.1. Le fragment à amplifier(ADN)
3.2. Les amorces (sens et anti sens)
3.3. L’ADN polymérase et ses inhibiteurs
3.4. Les nucléotides dNTPs
3.5. Le Magnésium (Mg ++)
4. Les étapes de la réaction
4.1. Extraction
4.2. Amplification
4.2.1. La dénaturation thermique
4.2.2. Hybridation des amorces.
4.2.3. Elongation
5. Les types de PCR.
5.1. La PCR en point final
5.2. La PCR en temps réel (real-time PCR) ou PCR quantitative (ou qPCR).
5.3. PCR nichée ou nested PCR
5.4. Le PCR multiplex
5.5. PCR compétitive
5.6. PCR asymétrique.
5.7. La RT-PCR
6. Avantages et inconvénients de la PCR
6.1. Les avantages.
6.2. Les inconvénients
Chapitre 3: Lutte antimicrobienne
1. Les méthodes
1.1. L’antisepsie
1.2. La désinfection
2. Les produits
2.1. Les biocides
2.2. Les antiseptiques
2.3. Les désinfectants
2.4. Classification des biocides
2.5. Mode d’action des biocides
Chapitre 4: La résistance aux biocides
1. Mécanismes de la résistance bactérienne aux biocides
1.1. Résistance intrinsèque
1.2. La résistance acquise
1.2.1. Les mécanismes d’acquisition de la résistance
1.2.1.1. La résistance acquise chromosomique
1.2.1.2. La résistance acquise Plasmidique (ou extra chromosomique)
1.2.1.2.1. Les plasmides
1.2.1.2.2. Les intégrons de résistance
1.2.1.2.3. Les éléments transposables bactériens
2. Les gènes codant la résistance aux biocides
3. La résistance chez les entérocoques
3.1. Resistance aux ammoniums quaternaires
3.1.1. Objectif
3.1.1.1. Matériels et méthodes
3.1.1.2.1. Détermination du CMI
3.1.1.2.2. Construction de la souche EF-SAVE1
3.1.1.2.3. RT-PCR
3.1.1.3. Résultats et discussion
3.1.1.4. Conclusions
3.1.2. Resistance au chlorure de didécyldiméthylammonium
3.1.2.1. Objectif
3.1.2.2. Matériels et méthodes
3.1.2.2.1. Isolement et identification d’E. faecalis
3.1.2.2.2. Sensibilité au (DDAC)
3.1.2.2.3. Détection des gènes qac
3.1.2.3. Résultats et discussion.
3.2. Resistance aux alcools.
3.2.1. Objectifs
3.2.2. Résultats et discussion
3.2.2.1. Pertinence clinique d’E. faecium tolérance à l’alcool
3.2.2.2. Identification des facteurs génétiques bactériens liés à la tolérance à l’alcool
3.2.2.3. Validation des facteurs génétiques bactériens liés à la tolérance à l’alcool
Conclusion et perspectives.
Références bibliographiques
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