La création d’une ontologie Pharmaceutique pour la recherche d’information.
Des informations générales:
Le niveau |
MASTER |
Titre |
La création d’une ontologie Pharmaceutique pour la recherche d’information. |
SPECIALITE |
Génie biomédicale, Informatique Biomédicale |
Page de garde:
Sommaire:
Introduction générale
Chapitre I: Les ontologies
1. Introduction
2. Définitions de l’ontologie
3. Rôles des ontologies
3.1. Modularité et réutilisation des connaissances
3.2. Communication
4. Composantes d’une ontologie
4.1. Les concepts
4.2. Les relations et les fonctions
4.3. Les axiomes
4.4. Les instances
5. Le cycle de vie des ontologies
5.1. Besoins et évaluations
5.2. Conception et évolution
5.3. Diffusion
5.4. Utilisation
5.5. Gestion
6. Niveau de détail de l’ontologie
6.1. Typologie selon le niveau de complétude
6.2. Typologie selon le niveau du formalisme
6.3. Typologie selon l’objet de conceptualisation
6.3.1. Ontologie supérieure ou de Haut niveau
6.3.2. Ontologie Générique
6.3.3. Ontologie du Domaine
6.3.4. Ontologie de Tâches
6.3.5. Ontologie d’Application
7. Les méthodes de Construction d’ontologie
7.1. La méthodologie METHONTOLOGY
7.2. La methodologies On-To-Knowledge
7.3. La méthode Ontology Development 101.
8. Les domaines d’applications des ontologies
8.1. Système d’information
8.2. Web sémantique
9. Les avantages d’une ontologie
10. Les difficultés rencontrées dans l’élaboration d’une ontologie
11. Conclusion
Chapitre II: La recherche d’information
1. Introduction
2. Les Systèmes de Recherche d’Information
2.1. Définition de la recherche d’information
2.2. Définition de système de recherche d’information
2.2.1. Architecture générale des systèmes de recherche d’information
3. Concepts clés de la recherche d’information (RI)
4. Les quatre principaux modes de recherche d’information
5. Principaux modèles de recherche d’information
6. Utilisation des ontologies dans le domaine de la recherche d’information 28
6.1. Lien entre les ontologies et la recherche d’information
6.2. Apports de l’ontologie dans le domaine de la recherche d’information 29
7. Conclusion
Chapitre III: Les travaux connexes
1. Introduction
2. Ontologie de la pneumologie pour l’aide au codage de l’information médical: Onto-Pneumo
2.1. Objectifs et hypothèse
2.2. Matériel: outils et corpus
2.3. Méthode
2.4. Formalisation de l’ontologie avec les logiques de description.
2.5. Résultats
3. Ontologie construite spécifiquement pour augmenter les signaux de détections de causalité possibles entre un médicament et un effet indésirable :
Pharmacovigilance37
3.1. Objectif38
3.2. Hypothèse39
3.3. Matériel39
3.4. Méthode.39
3.5. Validation41
3.6. Résultats41
4. Contribution à la construction d’ontologies et à la recherche d’information :
application au domaine médical42
4.1. La constitution des corpus43
4.1.1. L’extraction des candidats termes43
4.1.2. Prétraitement du texte43
4.1.3. La construction du noyau ontologique43
4.1.4. L’enrichissement de l’ontologie43
4.2. Résultats44
4.3. L’enrichissement de l’ontologie45
4.4. Conclusion45
4.5. Application pour la mise en œuvre du portail SemBiP45
4.5.1. Le portail SemBiP.46
4.5.2. La phase de recherche d’information465. Indexation et intégration de ressources textuelles à l’aide d’ontologie :
application au domaine biomédical47
5.1. L’index de ressource biomédicale du NCBO.48
5.2. Cas d’utilisation et scénarios supportés.49
6. Comparaison entre les travaux50
6.1. Discussion des résultats52
7. Conclusion52
Chapitre IV : Proposition d’une application médicale
1. Introduction53
2. Problématique54
3. Approche proposée55
3.1. Conception de l’ontologie du domaine55
3.2. Un processus de recherche d’information.60
3.3. Création de l’interface de l’application60
3.4. Connexion entre l’ontologie et l’interface61
4. Fonctionnement de l’application.61
5. Conclusion.63
Chapitre V : Implémentation et résultat
1. Introduction65
2. Implémentation de l’ontologie652.1. OWL (Ontology Web Language)65
2.2. Protégé66
3. implémentation de l’interface67
3.1. Netbeans67
3.2. Construction de la base de données67
3.2.1. MySql 67
4. Connexion ontologie-interface68
4.1. Jena.68
5 .Architecture logicielle68
5.1. Ontologie.68
5.2. La base de données69
5.3. L’interface69
6. Exemple.72
6.1. Gestion patient72
6.2. Gestion médicament72
7. Analyse et résultats74
8. Conclusion74
Conclusion générale perspectives75
Bibliographie
Chapitre I: Les ontologies
1. Introduction
2. Définitions de l’ontologie
3. Rôles des ontologies
3.1. Modularité et réutilisation des connaissances
3.2. Communication
4. Composantes d’une ontologie
4.1. Les concepts
4.2. Les relations et les fonctions
4.3. Les axiomes
4.4. Les instances
5. Le cycle de vie des ontologies
5.1. Besoins et évaluations
5.2. Conception et évolution
5.3. Diffusion
5.4. Utilisation
5.5. Gestion
6. Niveau de détail de l’ontologie
6.1. Typologie selon le niveau de complétude
6.2. Typologie selon le niveau du formalisme
6.3. Typologie selon l’objet de conceptualisation
6.3.1. Ontologie supérieure ou de Haut niveau
6.3.2. Ontologie Générique
6.3.3. Ontologie du Domaine
6.3.4. Ontologie de Tâches
6.3.5. Ontologie d’Application
7. Les méthodes de Construction d’ontologie
7.1. La méthodologie METHONTOLOGY
7.2. La methodologies On-To-Knowledge
7.3. La méthode Ontology Development 101.
8. Les domaines d’applications des ontologies
8.1. Système d’information
8.2. Web sémantique
9. Les avantages d’une ontologie
10. Les difficultés rencontrées dans l’élaboration d’une ontologie
11. Conclusion
Chapitre II: La recherche d’information
1. Introduction
2. Les Systèmes de Recherche d’Information
2.1. Définition de la recherche d’information
2.2. Définition de système de recherche d’information
2.2.1. Architecture générale des systèmes de recherche d’information
3. Concepts clés de la recherche d’information (RI)
4. Les quatre principaux modes de recherche d’information
5. Principaux modèles de recherche d’information
6. Utilisation des ontologies dans le domaine de la recherche d’information 28
6.1. Lien entre les ontologies et la recherche d’information
6.2. Apports de l’ontologie dans le domaine de la recherche d’information 29
7. Conclusion
Chapitre III: Les travaux connexes
1. Introduction
2. Ontologie de la pneumologie pour l’aide au codage de l’information médical: Onto-Pneumo
2.1. Objectifs et hypothèse
2.2. Matériel: outils et corpus
2.3. Méthode
2.4. Formalisation de l’ontologie avec les logiques de description.
2.5. Résultats
3. Ontologie construite spécifiquement pour augmenter les signaux de détections de causalité possibles entre un médicament et un effet indésirable :
Pharmacovigilance37
3.1. Objectif38
3.2. Hypothèse39
3.3. Matériel39
3.4. Méthode.39
3.5. Validation41
3.6. Résultats41
4. Contribution à la construction d’ontologies et à la recherche d’information :
application au domaine médical42
4.1. La constitution des corpus43
4.1.1. L’extraction des candidats termes43
4.1.2. Prétraitement du texte43
4.1.3. La construction du noyau ontologique43
4.1.4. L’enrichissement de l’ontologie43
4.2. Résultats44
4.3. L’enrichissement de l’ontologie45
4.4. Conclusion45
4.5. Application pour la mise en œuvre du portail SemBiP45
4.5.1. Le portail SemBiP.46
4.5.2. La phase de recherche d’information465. Indexation et intégration de ressources textuelles à l’aide d’ontologie :
application au domaine biomédical47
5.1. L’index de ressource biomédicale du NCBO.48
5.2. Cas d’utilisation et scénarios supportés.49
6. Comparaison entre les travaux50
6.1. Discussion des résultats52
7. Conclusion52
Chapitre IV : Proposition d’une application médicale
1. Introduction53
2. Problématique54
3. Approche proposée55
3.1. Conception de l’ontologie du domaine55
3.2. Un processus de recherche d’information.60
3.3. Création de l’interface de l’application60
3.4. Connexion entre l’ontologie et l’interface61
4. Fonctionnement de l’application.61
5. Conclusion.63
Chapitre V : Implémentation et résultat
1. Introduction65
2. Implémentation de l’ontologie652.1. OWL (Ontology Web Language)65
2.2. Protégé66
3. implémentation de l’interface67
3.1. Netbeans67
3.2. Construction de la base de données67
3.2.1. MySql 67
4. Connexion ontologie-interface68
4.1. Jena.68
5 .Architecture logicielle68
5.1. Ontologie.68
5.2. La base de données69
5.3. L’interface69
6. Exemple.72
6.1. Gestion patient72
6.2. Gestion médicament72
7. Analyse et résultats74
8. Conclusion74
Conclusion générale perspectives75
Bibliographie
Télécharger:
Pour plus de
sources et références universitaires
(mémoires, thèses et articles
), consultez notre site principal.