Effet de la delta-tocopherol sur la topoisomérase II lors du cancer : Simulation par docking moléculaire
Des informations générales:
Le niveau |
MASTER |
Titre |
Effet de la delta-tocopherol sur la topoisomérase II lors du cancer : Simulation par docking moléculaire |
SPECIALITE |
Immunologie |
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Sommaire:
Introduction
Chapitre 1. Revue de la littérature
I. Cancer et immunité
I.1. Historique
1.2. Le cancer
1.3. Transformation cellulaire
1.4. Cancer et immunité
1.5. Immunosurveillance et « immunoediting »
I.5.1. Phase d’élimination
I.5.2. Phase d’équilibre
I.5.3. Phase d’échappement
1.6. Protéine topo isomérase II
I.7. Structure de la topoisomérase de type II
I.8. Rôles de la topoisomerase II
I.7.1. Structure chimique de certains des inhibiteurs catalytiques du topo isomérase II
I.8.1 Les rôles de l’ADN topoisomerase II au cours du cycle cellulaire
I.8.2 Rôles non catalytiques du domaine C-terminal de la topoisomerase II a
I.9. ADN topoisomérases dans les cellules cancéreuse
II.1. Vitamine E
II.2. Structure chimique, Métabolisme et Sources de vitamine E
II.2.1 Structure chimique de la vitamine E
II.2.2 Métabolisme
II.2.3 Sources alimentaires
II.3. Effets anticancéreux de la vitamine E
II.3.1 Effet anti-oxydant
II.3.2 Effet anti-inflammatoire
II.3.3 Effet anti-prolifératif
II.3.4 Effet anti-angiogénique
III. Docking moléculaire
III.1. Définition
III.2. Types de Docking
III.2.1. Docking rigide
III.2.2. Docking flexible III.2.3. Docking semi-flexible
III.3. Outils
III.3.1. Récepteur
III.3.2. Ligand
III.4. Programmes
III.5. Processus de docking
III.5.1. Docking Ligand- Protéine
III.6. Principe du Docking
III.6.1. Théories de base
III.6.2. Principe et fonction de scoring
Chapitre 2. Matériels et méthodes
I. Matériels
I.1. Micro-ordinateur
1.2. Logiciels (programmes)
1.2.1. ChemSketch
I.2.2. ArgusLab
I.2.3. Discovery Studio
I.2.4. ChemDraw Office Ultra 2004
1.3. Banques de données
1.3.1. « PDB » (Protein Data Bank)
1.3.2. « PubChem »
II. Méthodes
II.1. Préparation de la protéine
II.2. Préparation de ligand
II.3. RMSD
II.4. Règle de 5 de Lipinski
Chapitre 3. Résultats et discussion
I. Résultats
I.1. La fiabilité du programme ArgusLab
1.2. Test RMSD
1.3. L’analyse visuelle
II. Etude des interactions << Inhibiteurs-protéine >>
II.1. Application de la règle de Lipinski
Chapitre 4. Conclusion et perspectives
Chapitre 5. Références bibliographiques
Chapitre 1. Revue de la littérature
I. Cancer et immunité
I.1. Historique
1.2. Le cancer
1.3. Transformation cellulaire
1.4. Cancer et immunité
1.5. Immunosurveillance et « immunoediting »
I.5.1. Phase d’élimination
I.5.2. Phase d’équilibre
I.5.3. Phase d’échappement
1.6. Protéine topo isomérase II
I.7. Structure de la topoisomérase de type II
I.8. Rôles de la topoisomerase II
I.7.1. Structure chimique de certains des inhibiteurs catalytiques du topo isomérase II
I.8.1 Les rôles de l’ADN topoisomerase II au cours du cycle cellulaire
I.8.2 Rôles non catalytiques du domaine C-terminal de la topoisomerase II a
I.9. ADN topoisomérases dans les cellules cancéreuse
II.1. Vitamine E
II.2. Structure chimique, Métabolisme et Sources de vitamine E
II.2.1 Structure chimique de la vitamine E
II.2.2 Métabolisme
II.2.3 Sources alimentaires
II.3. Effets anticancéreux de la vitamine E
II.3.1 Effet anti-oxydant
II.3.2 Effet anti-inflammatoire
II.3.3 Effet anti-prolifératif
II.3.4 Effet anti-angiogénique
III. Docking moléculaire
III.1. Définition
III.2. Types de Docking
III.2.1. Docking rigide
III.2.2. Docking flexible III.2.3. Docking semi-flexible
III.3. Outils
III.3.1. Récepteur
III.3.2. Ligand
III.4. Programmes
III.5. Processus de docking
III.5.1. Docking Ligand- Protéine
III.6. Principe du Docking
III.6.1. Théories de base
III.6.2. Principe et fonction de scoring
Chapitre 2. Matériels et méthodes
I. Matériels
I.1. Micro-ordinateur
1.2. Logiciels (programmes)
1.2.1. ChemSketch
I.2.2. ArgusLab
I.2.3. Discovery Studio
I.2.4. ChemDraw Office Ultra 2004
1.3. Banques de données
1.3.1. « PDB » (Protein Data Bank)
1.3.2. « PubChem »
II. Méthodes
II.1. Préparation de la protéine
II.2. Préparation de ligand
II.3. RMSD
II.4. Règle de 5 de Lipinski
Chapitre 3. Résultats et discussion
I. Résultats
I.1. La fiabilité du programme ArgusLab
1.2. Test RMSD
1.3. L’analyse visuelle
II. Etude des interactions << Inhibiteurs-protéine >>
II.1. Application de la règle de Lipinski
Chapitre 4. Conclusion et perspectives
Chapitre 5. Références bibliographiques
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